山东中医药大学创建于1958年，1978年被确定为全国重点建设的中医院校，1981年成为山东省重点高校，1996年经原国家教委批准更名为山东中医药大学，是教育部本科教学工作水平评估优秀学校、山东省首批五所应用基础型人才培养特色名校之一。
2007年学校由济南市历下区主体迁入扁鹊故里——长清，截至2014年5月，总占地1829亩，建筑面积54.5万平方米，仪器设备总值17087.6万元，馆藏纸质图书110万册、电子图书47万册。学校有3所直属附属医院、11所非直属附属医院、22所教学医院、50余处临床教学基地和10家山东省研究生联合培养基地。
学校有13个二级学院，下设21个本科专业，涉及医、理、文、工、管等学科门类;有3个博士后科研流动站、3个博士学位授权一级学科、8个硕士学位授权一级学科。学校有全日制在校生近21000人，其中本专科生18100余人，研究生近2600人。
学校有3个博士后科研流动站，有3个博士学位授权一级学科、15个博士点;8个硕士学位授权一级学科、44个硕士点，硕士点涵盖了中医学、中西医结合、中药学全部二级学科，并开始向周边学科渗透;拥有临床医学博士专业学位授予权和临床医学、中药学、药学、生物医学工程硕士专业学位授予权。学校有2个国家重点学科和1个国家级重点学科，省级重点学科14个，国家中医药管理局重点学科29个。
学校先后与亚洲、欧洲、非洲、美洲、澳洲、港澳台等国家和地区的六十余所高等教育、医疗科研机构建立了长期的友好合作关系，合作办学、合作办医。国际教育学院负责招收和培养外国留学生、台港澳华侨学生，开展本科、硕士和博士三个层次的学历教育及各类短期培训项目，能够用英语、日语、韩语等多种语言授课。现有外国留学生、境外合作办学学生、港澳台学生400余人。每年招收各类短期学习和进修生100余人。
学校设有1个国家教育部重点实验室、6个国家中医药管理局三级重点实验室，2个国家中医药管理局重点研究室、2个山东省重点实验室、3个山东省工程技术研究中心、1个山东省工程实验室和6个山东省高校重点实验室，立项牵头1个山东省高等学校协同创新中心。
学校共承担厅局级以上科研课题1028项，其中国家级项目223项，获国家科技进步二等奖2项，是科技部认定的“国家科技成果重点推广项目技术依托单位”、“国家中药现代化、产业化规范种植项目承担单位”。2010年国家重大、重点科研项目累计科研经费突破1亿元，中医临床研究基地建设资金2.8亿元。
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